7篇Gastroenterology/Gut | 香港中文大学于君等团队发现1058种新型人类肠道 DNA 病毒

iNature

缺乏病毒参考基因组，对病毒组研究构成挑战。该研究通过超深度宏基因组测序研究了人类肠道病毒组及其临床意义。

2022年6月6日，香港中文大学于君团队在Gastroenterology（IF=23）在线发表题为“Uncovering 1,058 novel human enteric DNA viruses through deep long-read third-generation sequencing and their clinical impact ”的研究论文，该研究从人类粪便中提取了足够的病毒 DNA，用于超深度 PacBio 测序（>10μg）和 Illumina 测序（>1μg）。与以前的方案相比，提取的病毒 DNA 的平均量增加了 14 倍。该研究获得的 PacBio 长读长和 Illumina 短读长比以前的研究高 290 倍。

该研究组装并验证了 1,178 个重叠群作为完整的病毒基因组，其中 1,058 个是新发现的。发现了 13 个病毒基因组 (398-839kb)，它们比人类发现的最大噬菌体 (393kb) 还要长。裂解病毒（占总数的 75.9%±12.2%）主要存在于该研究的样本中。一个由 14 种新型病毒组成的生物标志物组可以将 CRC 患者与训练队列中 AUC 0.87 的对照组区分开来，这在两个独立队列中用 AUC 0.85 和 0.73 进行了验证。总之，该研究发现了 1,058 种新型人类肠道病毒。这些发现有助于临床诊断、当前的病毒参考基因组和未来的病毒组研究。

另外，2022年5月20日，香港中文大学于君团队在Gut（IF=23）在线发表题为“Squalene epoxidase drives cancer cell proliferation and promotes gut dysbiosis to accelerate colorectal carcinogenesis ”的研究论文，该研究发现SQLE mRNA 和蛋白质表达在 CRC 中上调 (p<0.01) 并预测 CRC 患者的不良生存率。SQLE 通过诱导细胞周期进程和抑制细胞凋亡来促进 CRC 细胞增殖。总之，该研究表明 SQLE 通过细胞内在效应和肠道微生物群代谢物轴的调节介导肿瘤发生。SQLE 代表 CRC 中的治疗靶点和预后标志物（点击阅读）。

2022年4月22日，香港中文大学于君，中山大学许丽霞及李晓星共同通讯在Gut（IF=23）在线发表题为“Mechanistic insight of SARS-CoV-2 infection using human hepatobiliary organoids  ”的研究论文，人类类器官被用来在细胞和分子水平上研究 SARS-CoV-2 感染及其诱导的肝损伤。该研究首先从 7 名肝癌患者的邻近正常组织中建立了 5 个肝脏类器官和 2 个胆道类器官。该研究检查了人类肝脏和胆道类器官对直接从一名中度 COVID-19 患者中分离出来的 SARS-CoV-2 的敏感性。在人类肝脏和胆道类器官的斑块区域中很容易检测到 SARS-CoV-2 刺突 (S) 糖蛋白的表达，但在未感染的对照中检测不到。在感染 SARS-CoV-2 后 24 小时，肝脏和胆道类器官中 SARS-CoV-2 的病毒载量显著增加，在肝脏类器官及胆道类器官中分别保持稳定 96 小时和 48 小时。同时，该研究发现活的 SARS-CoV-2 可以在裂解的类器官及其培养上清液中扩增，推断人类肝脏和胆道类器官对 SARS-CoV-2 易感并支持强大的病毒复制（点击阅读）。

2022年3月1日，香港中文大学于君团队在Gut（IF=23）在线发表题为“Squalene epoxidase drives cancer cell proliferation and promotes gut dysbiosis to accelerate colorectal carcinogenesis ”的研究论文，该研究发现SQLE mRNA 和蛋白质表达在 CRC 中上调 (p<0.01) 并预测 CRC 患者的生存率低。该研究表明 SQLE 通过细胞内在效应和肠道微生物群代谢物轴的调节介导肿瘤发生。SQLE 代表 CRC 中的治疗靶点和预后标志物（点击阅读）。

2021年8月3日，香港中文大学于君，Vincent Wai-Sun Wong及上海交通大学夏强共同通讯在Gut (IF=23)在线发表题为“Integrative metabolomic characterisation identifies altered portal vein serum metabolome contributing to human hepatocellular carcinoma ”的研究论文，该研究详细的代谢组学评估显示，HCC 患者和对照个体的血清、肝组织和粪便样本中存在明显的代谢物簇 (p<0.001)。血清、组织和粪便代谢物的综合代谢组分析揭示了 HCC 患者的代谢改变。在门静脉中，该研究确定了升高和耗尽的代谢物，表明它们可能在 HCC 发展中发挥作用（点击阅读）。

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